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Detektion von SARS-CoV-2 (Coronavirus) für Forschungszwecke

17.02.2021

Überblick über den SARS-CoV-2-Nachweisprozess (Coronavirus)

Im Dezember 2019 wurde in Wuhan, der Hauptstadt der chinesischen Provinz Hubei, der SARS-CoV-2 (ehemals 2019-nCoV) identifiziert. Aufgrund seiner raschen Ausbreitung mit mehr als 105.000.000 bestätigten Fällen bis Mitte Februar 2021 erklärte die Weltgesundheitsorganisation den Ausbruch zu einem öffentlichen Gesundheitsnotstand von internationaler Bedeutung.

Wichtige Fakten:

  • SARS-CoV-2: (+) ss-RNA-Virus
  • Verwandt mit SARS-CoV und MERS-CoV
  • Nachweis auf der Basis von PCR

Analytik Jena bietet ein breites Produktportfolio im Bereich der Nukleinsäureextraktion und PCR bzw. Real Time PCR mit sowohl Extraktionskits als auch erforderlichen Geräten an. Für Forschungzwecke zum Nachweis des SARS-CoV-2 wird folgender Workflow vorgeschlagen.

1. Probennahme

Prinzipiell eignet sich Atemmaterial wie Nasen-Rachen- und Oropharynxabstrichproben für den Nachweis respiratorischer Erreger. Für nähere Informationen sind Empfehlungen der WHO oder sonstiger Institutionen zu beachten.
Weiterhin kann Serum für serologische Tests, Akutproben und Rekonvaleszenzproben genutzt werden.

2. Nukleinsäure-Extraktion

Analytik Jena bietet eine Auswahl an Extraktionsplattformen und zugehörigen Extraktionskits zur Extraktion viraler RNA aus Abstrichen, zellfreien Körperflüssigkeiten (z.B. Serum, Plasma, Liquor) und mehr. Die Produktlinie innuPREP AniPath ermöglicht die gleichzeitige Extraktion von bakterieller und viraler DNA und/oder RNA aus den jeweiligen Ausgangsmaterialien. Eine detaillierte Übersicht ist in der folgenden Tabelle dargestellt.

HandhabungProbendurchsatzExtraktionsplattformExtraktions-Kit
NameWichtige Merkmale
ManuellNiedrig
 		-Bis zu 12 Proben / 25 mininnuPREP Virus TS RNA Kit
innuPREP Virus DNA/RNA Kit

 

Automatisiert

MittelInnuPure C16 touch

Bis zu 16 Proben / 31 - 84 min
Extraktionsplattform

innuPREP AniPath DNA/RNA Kit - IPC16, non-filled
innuPREP AniPath DNA/RNA Kit - IPC16
innuPREP Virus DNA/RNA Kit - IPC16, non-filled
innuPREP Virus DNA/RNA Kit - IPC16
HochCyBio FeliX

Bis zu 96 Proben / 62 - 73 min
Extraktionsplattform + Liquid Handling
(z.B. Vorbereitung der PCR)

innuPREP AniPath DNA/RNA Kit – FX*
innuPREP Virus TS RNA Kit 2.0 - FX

innuPREP Virus DNA/RNA Kit - FX
Hoch
 		KingFisher Flex

Bis zu 96 Proben /  60 min
Ausschließlich Extraktionsplattform

innuPREP AniPath DNA/RNA Kit - KFFLX
innuPREP RNA Virus PLUS Kit – KFFLX

* Einführung geplant für Mitte 2021

3. Vervielfältigung und Detektion

Molekulare Assays zum Nachweis von SARS-CoV-2 sind über die Homepage der WHO  zugänglich. Darüber hinaus sind mehrere kommerzielle Real-time PCR-Kits erhältlich. Die folgende Tabelle zeigt alle verfügbaren Nachweiskits, die auf qTOWER³ und/oder qTOWER³ 84 getestet wurden.

FirmaName des KitsCE-IVD/ FDA EUA*Farbstoff/ Konfiguration/ Ziel
Assays zum alleinigen Nachweis von SARS-CoV-2
Altona DiagnosticRealStar® SARS-CoV-2 RT-PCR Kit 1.0 RUO-FAM: Color Module 1 (E gene)
VIC: Color module 2 (IC)
Cy5: Color module 5 (S gene)
BGI GenomicsReal-Time Fluorescent RT-PCR Kit for Detecting SARS-2019-nCoV-FAM: Color Module 1 (N-CoV)
VIC/HEX: Color Module 2 (IC)
EuroImmunEuroRealTime SARS-CoV-2CE IVD (qTOWER3)FAM: Color Module 1 (ORF1ab and N gene)
HEX: Color Module 3 (IC)
Fosun Pharma USAFosun COVID-19 RT-PCR Detection Kit-FAM: Color Module 1 (ORF1ab)
HEX: Color Module 2 (N gene)
ROX: Color Module 4 (E gene)
Cy5: Color Module 5 (IC)
IDEXXWater SARS-CoV-2 RT-PCR Test-FAM:  Color Module 1 (N1 and N2)
HEX: Color Module 2 (IC)
IngentixViroReal® Kit SARS-CoV-2 & SARSCE IVD (qTOWER3)FAM: Color Module 1 (RdRp)
Cy5: Color Module 5 (IC)
Inno-Train Diagnostik GmbHCovid-19 FluoGene QCE IVD (qTOWER3)FAM: Color Module 1 (N1 gene)
VIC/JOE: Color Module 2 (M gene)
ROX: Color Module 4 (IC)
MikrogenampliCube Coronavirus SARS-CoV-2-FAM: Color Module 1 (E gene)
HEX: Color Module 2 (ORF1a)
Cy5: Color Module 5 (IC)
ampliCube Coronavirus Panel-FAM: Color Module 1 (MERS-CoV)
HEX: Color Module 2 (SARS-CoV,SARS-CoV-2, Bat SARS-like CoV)
ROX: Color Module 4 (HCoV)
Cy5: Color Module 5 (IC)
Perkin ElmerSARS-CoV-2 RT-qPCR Reagent kitCE IVD (qTOWER3)FAM: Color Module 1 (N gene)
HEX: Color Module 2 (ORF1ab)
Cy5: Color Module 5 (IC)
New Coronavirus Nucleic Acid Detection KitFDA EUA (qTOWER3)
FDA EUA (qTOWER3 84)		FAM: Color Module 1 (N gene)
ROX: Color Module 4 (ORF1ab)
HEX: Color module 2 (IC)
PrimerDesignCoronavirus (COVID-19) FAM: Color Module 1 (RdRp)
VIC: Color module 2 (IC)
Procomcure BiotechPhoenixDx® SARS-CoV-2 IVDCE IVD (qTOWER3)FAM: Color Module 1 (E gene)
FAM: Color Module 1 (RdRp)
R-BiopharmRIDA®GENE SARS-CoV-2 RUO-FAM: Color Module 1 (E gene)
VIC: Color module 2 (IC)
RTA LaboratoriesDiagnovital SARS-CoV-2 MultiplexFDA EUA (qTOWER3) pendingFAM: Color Module 1 (N gene, ORF1ab)
HEX: Color Module 2 (IC)
SeegeneAllplex™ 2019-nCoV Assay-FAM: Color Module 1 (E gene)
HEX: Color Module 2 (IC)
ROX: Color Module 4 (RdRP gene)
Cy5: Color Module 5 (N gene)
Shimadzu2019 Novel Coronavirus Detection Kit -FAM: Color Module 1 (N1 gene)
ROX: Color Module 4 (N2 gene)
Cy5: Color Module 5 (IC)
Siemens healthineers / 
Fast-Track Diagnostic		FTD SARS-CoV-2 Assay (RUO)-FAM: Color Module 1 (ORF1ab and N gene)
Cy5: Color Module 5 (IC)
SolGentDiaPlexQ Novel Coronavirus (2019-nCOV) Detection Kit-FAM: Color Module 1 (N gene)
VIC: Color Module 2 (ORF1a)
Texas Red: Color Module 4 (IC)
TIB MOLBIOLTIB MOLBIOL LightMix® Modular SARS-CoV-2 (COVID19) RdRP -FAM: Color Module 1 (RdRP gene)
Cy5: Color module 5 (IC)
TIB MOLBIOL LightMix® Modular SARS-CoV.2 (COVID19) E gene -FAM: Color Module 1 (E gene)
Cy5: Color module 5 (IC)
Wells BiocareGENE™ COVID-19 RT-PCR kit-FAM:  Color Module 1 (N gene)
ROX: Color Module 4 (IC)
Cy5: Color Module 5 (RdRp)
careGENE™ N-Cov RT-PCR Kit-FAM:  Color Module 1 (E gene)
ROX: Color Module 4 (IC)
Assays zum Nachweis von SARS-CoV-2 Mutationen
TIB MOLBIOLTIB MOLBIOl VirSNiP SARS-CoV-2 Spike 501Y-FAM: Color Module 1 (SARS Spike 501Y)
Inno-Train Diagnostik GmbHCovid-19 FluoGene Q N501Y (RUO)-FAM: Color Module 1 (N1 gene)
IC/JOE: Color Module 2 (M gene)
ROX: Color Module 4 (IC)
Cy5: Color Module 5 (S N501Y)
Assays zum parallelen Nachweis von SARS-CoV-2 und Influenza Viren
EuroImmunEURORealTime SARS-CoV-2/Influenza A/BCE IVD (qTOWER3)FAM: Color Module 1 (ORF1ab and N gene)
ROX: Color Module 4 (Influenza A)
Cy5: Color Module 5 (Influenza B)
HEX: Color Module 3 (IC)
IngentixViroReal® Kit SARS Coronavirus & Influenza A/BCE IVD (qTOWER3)FAM: Color Module 1 (SARS)
VIC: Color module 2 (Influenza A/B)
Cy5: Color Module 5 (IC)
MikrogenampliCube Respiratoty Flu & SARS-CoV-2-FAM: Color Module 1 (Influenza-A)
HEX: Color Module 2 (Influenza-B)
ROX: Color Module 4 (ORF1a)
Cy5: Color Module 5 (IC)
Cy5.5: Color Module 6 (E gene)
R-BiopharmRIDA®GENE Flu & SARS-CoV-2 RUO-FAM: Color Module 1 (Influenza A/B)
VIC: Color Module 2 (ICR)
ROX: Color Module 4 (E gene)
Cy5: Color Module 5 (RdRp gene)
Assays speziell für Abwasserproben getestet **
EuroImmunEuroRealTime SARS-CoV-2CE IVD (qTOWER³)FAM: Color Module 1 (ORF1ab and N gene)
HEX: Color Module 3 (IC)
IDEXXWater SARS-CoV-2 RT-PCR Test-

FAM: Color Module 1 (N1 and N2)
HEX: Color Module 2 (IC)

Inno-Train Diagnostik GmbHCovid-19 FluoGene QCE IVD (qTOWER³)FAM: Color Module 1 (N1 gene)
VIC/JOE: Color Module 2 (M gene)
ROX: Color Module 4 (IC)
Inno-Train Diagnostik GmbHCovid-19 FluoGene Q N501Y (RUO)-FAM: Color Module 1 (N1 gene)
VIC/JOE: Color Module 2 (M gene)
ROX: Color Module 4 (IC)
Cy5: Color Module 5 (S N501Y)
Zymo ResearchQuick SARS-CoV-2 Multiplex Kit-HEX: Color Module 2 (N gene)
Quasar670: Color Module 5 (IC)

*Bitte beachten Sie, dass die hier aufgeführten Produkte der Analytik Jena GmbH nicht explizit als CE IVD gekennzeichnet sind und ausschließlich für Forschungszwecke bestimmt sind. Die Validierung der Kits wurde von den Assay-Herstellern selbst auf qTOWER Geräten durchgeführt und anschließend CE IVD bzw. FDA EUA zertifiziert.

** Abwasserproben wurden nach dem von der Analytik Jena festgelegten Arbeitsablauf aufbereitet. Auf dem qTOWER³ wurde die Real-Time-PCR mit dem angegebenen Assay durchgeführt.

Das PCR-Set kann mit einer Liquid-Handling-Plattform wie dem CyBio FeliX pipettiert werden. Die Verwendung einer PCR-Workstation oder -Kabinett bietet maximale Sicherheit und minimiert das Kontaminationsrisiko. Einzelne Komponenten wie qPCR Master Mixes sind ebenfalls über Analytik Jena erhältlich. Generell können Real-Time PCR-basierten Assays auf Real-Time Thermocyclern, wie etwa der  qTOWER3-Familie von Analytik Jena, durchgeführt werden. Informationen zu weiteren kommerziellen qPCR Assays zum SARS-CoV-2 Detektion mit bestätigten Kompatibilitäten auf qTOWER3 Geräten erhalten Sie gern auf Anfrage.

 

CyBio FeliX Serie

Flexible Pipettierplattform für vollautomatisches ein- bis mehrkanaliges Pipettieren

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Coronavirus - Overview On SARS-CoV-2 Detection Workflow For Research Use (EN)

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Implementation of SARS-CoV-2 (Coronavirus) detection assays from TIB MOLBIOL on qTOWER³ for research use

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Biofoundries and SARS-CoV-2 diagnostics

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Feedback

Kommentare (23)

  • Abhimanyu Pandey –

    thank you
    Antworten

  • Mustakim,MD,Clin.Path –

    Thank you,I am User Analytic Jenna PCR labkesda Soppeng From South Celebes Indonesia.
    Antworten

    • Brian Kohn –

      Dear AnalytikJena Team

      we are using a SARS-CoV-2 kit from DNA-Technologies (https://dna-technology.com/) on the qTower which is brand new.
      However we are not getting any Ct values for the samples.

      Kindly advise.
      Best wishes
      Antworten

    • Analytik Jena –

      Dear Mr. Kohn, we have forwarded your request to our Life Science support team, which will contant you as soon as possible.
      Antworten

  • Florian Werner –

    We have also validated our Kylt SARS-CoV-2 Kits on the qTower 384. Very satisfied with the performance and results. (https://www.kylt.eu/de/products/show/more/454)
    Antworten

  • Bhuneshwar Behra –

    Thank you
    Antworten

  • Sunil Prasad Lekhak –

    Dear Sir/Madam

    We are trading company in Nepal, specialized in Molecular Diagnostic lab.
    Currently we are looking for Fully automated Nucleic acid extraction system and liquid handling system.
    I am very much interested in your CyBio Felix system.

    Could you please send me technical specifications and Distributor Price for Nepal.

    Looking forward to your reply.

    Sunil Prasad Lekhak

    Life Sciences Solutions Pvt. Ltd.
    Antworten

    • Analytik Jena AG –

      Thank you for your inquiry. We have forwarded your request to our sales team which will contact you as soon as possible.
      Antworten

  • Jazz –

    I Am looking into doing research for covid kit for salmon , poultry etc sample, can I ask if your kit suitable for animal sample ? What is the price to run a covid test? If the test including extraction and regained as well? Can you quote both ? What is the lead time and shelf life of this ?
    Antworten

    • Analytik Jena AG –

      Thank you for your inquiry. Our sales team will contact you shortly to answer your questions.
      Antworten

  • Mario Schwarzkopf –

    Hallo, ich Interessiere mich auch für ein Kit mit dem schnellstmöglich das Virus nachgewiese, bzw. ausgeschlossen werden kann. Ich bräuchte alle Gerätschaften, die Notwendig wären um dies für eine Mobile Prüfung zu nutzen. Würde mich über nähere Informationen und Preise freuen.

    Beste Grüße
    :Schwarzkopf
    Antworten

    • Analytik Jena AG –

      Hallo Herr Schwarzkopf, wir haben Ihre Anfrage an unser Sales-Team weitergeleitet, welches die genauen Einsatzzwecke und Gegenheiten mit Ihnen abklären wird.
      Antworten

  • Sara Sánchez –

    Cordial saludo,

    Quisiera saber si hay un proceso de validación con el kit comercial Molecutech Real Time COVID-19 el cual nos puedan compartir. O si hay opción de hacer una capacitación virtual para la interpretación de los resultados de las corridas realizadas con el qTower 3 y el Kit de Molecutech.
    Antworten

    • Analytik Jena AG –

      Dear Mrs. Sánchez, right now the kit isn't validated on qTOWER3 yet. Please contact our application specialists at support-ls@analytik-jena.com. I'm sure that you will find an appropriate solution for your setup together.
      Antworten

  • Mudhafar –

    Are SARS-CoV-2 (Coronavirus) Kits from Analyticgena Working with Applied Biosystem 7500 fast Device?
    Antworten

    • Analytik Jena AG –

      Analytik Jena offers various nucleic acid extraction kits which can be used for the purification of viral RNA such as the SARS-CoV-2. For the subsequent detection via RT real time PCR on the one hand the PCR assay amplifying SARS-CoV-2-specific targets via distinct fluorescent dyes or probes is required. Such SARS-CoV-2 assays are not part of Analytik Jena's product portfolio. On the other hand a real time cycler is needed (which is offered by AJ). The PCR Assay and real time cyclers have to be compatible. The sample preparation via nucleic acid extraction does not affect the real time cycler so it is no problem to do nucleic acid extraction with kits by Analytik Jena and PCR with any cyler such as the Applied Biosystem 7500 fast Device .
      Antworten

  • Michael –

    What cell free body fluid is the “liquor” part? That is from your web site above:

    2. Nucleic Acid Extraction
    Analytik Jena offers a choice of extraction platforms and related extraction kits for extraction of viral RNA from swabs, cell free body fluids (e.g. serum, plasma, liquor) and more.
    Antworten

    • Analytik Jena AG –

      The aforementioned body fluid is cerebrospinal fluid. Thank you for the hint! We have corrected the text passage.
      Antworten

  • Mary –

    Dear Sir/ Madam,

    We are using the KH medical etraction and detection kits for COVID-19 Virus. We already have the qTower2.0 at our institute but it seems not to give good amplification/ detection curves in the same. should we upgrade it or what could be the problem?
    Antworten

    • Analytik Jena AG –

      Dear Mary, thank you for reaching out to us. The qTOWER2 should be able to help with your COVID-19 detection. Maybe a software update is all that is necessary. Our Life Science support staff has been contacted to assist you in solving this problem.
      Antworten

  • Hue Anh –

    Dear Sir/ Madam,
    For testing Seegene's Allplex™ 2019-nCoV Assay on qTower3, Is color compensation required? If yes, Can I use AJ's Color compensation kit?

    Thanks!
    Antworten

    • Analytik Jena GmbH+Co. KG –

      For reliable results with AllplexTM 2019-nCoV Assay by Seegene a color compensation with the Standard 2 matrix from qPCRsoft 4.1 or qPCRsoft384 1.2 is required.
      Antworten

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